NGV Nieuws

“In een eerder referaat melde ik dat de grote DNA-bedrijven op basis van hun grote DNA-databestanden, de mogelijke DNA-kenmerken gingen opsporen om de verschillen in vatbaarheid en klinische verschijningsvorm te achterhalen. De eerste resultaten komen nu binnen. Onderzoekers van 23andMe hebben een nieuwe genetische variant geïdentificeerd die geassocieerd wordt met COVID-19 veroorzaakt verlies van geur en smaak.

Verlies van geur en of smaak – ook wel anosmie genoemd – is een kenmerkend symptoom van COVID-19. Het is vaak de vroegste indicatie van infectie en in sommige gevallen het enige symptoom. Een persoon met één exemplaar van de variant heeft ongeveer 11,5 procent meer kans om zijn reuk- of smaakvermogen te verliezen als hij geïnfecteerd is in vergelijking met iemand met nul kopieën.

“Voor deze bevindingen gebruikten de onderzoekers opnieuw gegevens van meer dan een miljoen mensen die toestemming hebben gegeven om deel te nemen aan de COVID-19-studie van 23andMe. Door de verschillen in het genoom te onderzoeken tussen COVID-19-gevallen die wel en geen verlies van smaak of geur ondervonden, identificeerden onze wetenschappers een associatie op chromosoom 4 in de buurt van de reukgenen UGT2A1 en UGT2A2.

Verlies van reukvermogen is een kenmerkend symptoom van infectie met SARS-CoV-2. Specifieke mechanismen die infectie koppelen aan verlies van geur worden echter slecht begrepen. Met behulp van zelf gerapporteerde symptoomgegevens van de 23andMe COVID-19-studie beschrijven zij de demografische patronen die verband houden met COVID-19-gerelateerde anosmie. Men vindt dat het symptoom vaker wordt gerapporteerd bij vrouwen en jongere respondenten, en minder vaak bij die van Oost-Aziatische en Afro-Amerikaanse afkomst in vergelijking met die van Europese afkomst. Deze resultaten kunnen licht werpen op de biologische mechanismen die ten grondslag liggen aan COVID-19-gerelateerde anosmie.

De beste DNA-test vinden: moet ik aan genotypering of de sequentie methode de voorkeur geven.
Al eerder berichtte ik op deze site dat Ancestry.com is overgegaan op whole genome sequencing (WGS) en ik stelde toen dat dit invloed zou krijgen op bekende genoom-technieken waarbij vooral micro-array technieken gebruikt worden. Inmiddels wordt whole genoom sequencing al aangeboden voor $ 160 door Ancestry. Dit is een prijs die voor enkele jaren gelden ondenkbaar leek. Gaat WGS op den duur de micro-array technieken verdringen. Een discussie is onlangs gestart welke van deze
methoden vooral bij de genealogie de voorkeur geniet.

De eerste vraag is wat is het verschil tussen genotypering en sequentiebepaling.
De meeste DNAbedrijven zoals Ancestry.com tot 23andme, zijn allemaal genotyperings-bedrijven. In dit geval
analyseert men slechts een klein deel van het totale DNA.

Er zijn drie basismanieren waarop men DNA kan testen:.
♦ Whole Genome Sequencing (“WGS”) is precies dat wat deze frase zegt. Alle bases van de DNAketen worden bepaald. Interessant is dat slechts ongeveer 2% van uw genoom bekend staat als “coderend DNA”, dat is DNA dat codeert voor de eiwitten die al onze cellen vormen. De rest, is het “niet-coderend DNA” Dit werd lang beschouwd als junk-DNA, maar nu we meer weten over onze
genetica, weten we nu dat deze regio’s een enorm belangrijke functie hebben bij het reguleren van de coderende delen van het DNA. begrip van deze junk-regio’s en hun interacties is

♦ Whole Exome Sequencing (WES) analyseert sequenties alleen in die gebieden van DNA die coderen voor eiwitten. Dit is goed voor ongeveer 2% van het hele genoom.

♦ Vervolgens over genotypering. Hier wordt informatie verzameld voor een zorgvuldig geselecteerd aantal bases. Deze bases worden meestal geselecteerd omdat ze locaties vertegenwoordigen waar bepaalde sequenties met kenmerken associëren. Maar er zijn enorme delen van het exoom, laat staan het genoom dat niet wordt gedekt. Genotypering pikt alleen de belangrijke haltes op de snelweg op die actief zijn. 23andMe, Ancestry.com en de meeste andere diensten zijn allemaal genotyperingsbedrijven. Men analyseert slechts bepaalde interessante punten in her DNA en door te zoeken naar variaties (polymorfismen) die aanleiding geven tot de term Single Nucleotide Polymorphism (SNP). De hoeveelheid genoom die worden onderzocht zijn slechts een klein deel van
het totale DNA, ongeveer 0,03%!

Welke genotyperingservice is de beste?
Er zijn enkele verschillen waarop de gegevens worden gepresenteerd, en hun specifieke focus.
Ancestry.com, kan relevanter zijn voor genealogisch onderzoek. terwijl 23andMe meer op gezondheid gebaseerde informatie is gericht . Ancestry is het beste voor zoekopdrachten in de stamboom.
Ancestry.com heeft de voorkeur voor diegenen die een stamboom proberen op te bouwen of een verre verwant zoeken. Het bedrijf beschikt over een database van meer dan 5 miljoen waarmee gebruikers records kunnen vinden van diegenen die mogelijk verwant zijn. Voor alle duidelijkheid, het is meer de techniek dan het gegevens voordeel, daar beide services zeer vergelijkbaar zijn.

23andme is- het beste voor gezondheidsonderzoek
23andme heeft hoewel wat duurder de voorkeur om gezondheidsgegevens aan klanten presenteren.
23andme-gebruikers hebben bijvoorbeeld toegang tot een sectie genetische gezondheid risico’s, waarin het genetische risico voor aandoeningen zoals late aanvang van de ziekte van Alzheimer en leeftijdsgebonden macula degeneratie wordt geschetst. Het bedrijf heeft zelfs een nieuw rapport opgenomen met risicofactoren voor coeliakie .

De echte waarde van genotype-gegevens is het onbewerkte gegevensbestand.
Maar de echte kracht van uw genotype-gegevens (althans voor ons met een gezondheidsfocus) komt met het onbewerkte gegevensbestand, dat kan worden geanalyseerd door externe DNA-bedrijven met een gezondheidsfocus ( Genetic Genie , Promehease , Livewello en Gene Food die voedingsadviezen geeft.
Aangezien zowel 23andMe als Ancestry.com toegang bieden tot onbewerkte gegevens, is er weinig verschil tussen de twee. Zelfs het aantal geanalyseerde SNP’s is opmerkelijk vergelijkbaar met de meest recente 23andMe-kit die ~ 670.000 SNP’s analyseert en Ancestry.com voor ~ 700.000 SNP’s.

Dus hoe zit het met sequentieonderzoek?
De persoonlijke sequentiebepaling is de volgende grote stap in gepersonaliseerde geneeskunde. Hoewel de hierboven beschreven geno-typeringsdiensten veel mogelijkheden bieden wordt slechts een fractie van het exoom (het coderende gebied van het genoom) en een minuscule fractie van het hele genoom geanalyseerd. Theoretisch zou toegang tot uw WGS of zelfs WES methode Theoretisch de WGS of zelfs WES dus meer genetische afwijkingen kunnen signaleren En er zijn diensten beschikbaar zoal Veritas Genetics en Gene by Gene .
.
Direct naar WGS-opties voor consumenten
Er zijn enkele bedrijven die rechtstreeks aan consumenten WGS aanbieden. FullGenomes , Dante Labs en Guardiome (die lijken te beginnen). Alle drie bieden WGS aan en leveren uw onbewerkte gegevens voor redelijke prijzen. De interpretatie van deze onbewerkte gegevens zal echter zeer beperkt zijn. Hoewel alle drie de diensten gecureerde analyses aanbieden, lijkt dit beperkt te blijven tot dezelfde informatie die wordt gedekt door de veel goedkopere genotyperingsbedrijven. Bovendien wordt geautomatiseerde analyse van de onbewerkte gegevens met behulp van services zoals Livewello momenteel niet ondersteund. Dus tenzij men een praktiserende bio-informaticus is die deze enorme datasets kan analyseren, betaalt men voor verdere analyse en dit is waar de kosten aanzienlijk kunnen oplopen.

Hele exome-sequencing?
Gaat het beter met WES? Onthoud dat de exoom-sequentiebepalers uitsluitend coderende DNA leveren. Een optie hier is een recent geopende startup genaamd Helix , die WES op een andere manier benadert. Deze optie blijkt echter problemen te geven.
mygenefood.com/blog

Nieuwe wetten in Maryland en Montana zijn de eersten in het land die het gebruik van genetische genealogie door de wetshandhaving beperken, de DNA-matchingtechniek die in 2018 de Golden State Killer identificeerde, in een poging om de genetische privacy van de beschuldigde en hun familieleden te waarborgen. Dit is een belangwekkend artikel in de New Yorker, dat veel zal worden geciteerd, in verband met de bevoegdheden van de overheid om DNA-profielen te gebruiken bij de opsporing van criminelen. Tegen deze opsporingsmethode bleek veel weerstand te bestaan bij de burgerrechten ijverraars.

Vanaf 1 oktober hebben onderzoekers die aan zulke zaken werken toestemming van de rechter nodig voordat ze de methode mogen gebruiken, waarbij een “profiel” van duizenden DNA-merkers van een plaats delict wordt geüpload naar genealogische websites om familieleden van de dader te vinden. De nieuwe wet schrijft ook voor dat de techniek alleen wordt gebruikt voor ernstige misdaden zoals moord en aanranding. En het stelt dat onderzoekers alleen websites mogen gebruiken met een strikt beleid rond toestemming van de gebruiker.

Het gebruik door wetshandhaving van genetische gegevens van consumenten is huiveringwekkend, zorgwekkend en privacy-invasief zo stelt men.
Privacy voorvechters maken zich al sinds 2018 zorgen over genetische genealogie, toen het werd gebruikt om de identiteit van de Golden State Killer op te sporen, die 13 mensen vermoordde en tientallen vrouwen verkrachtte in de jaren zeventig en tachtig. Nadat ze het DNA van de moordenaar hadden afgestemd op vermeldingen in twee grote genealogische databases, GEDmatch en FamilyTreeDNA, identificeerden onderzoekers in Californië enkele neven van de dader en bouwden vervolgens maandenlang aan zijn stamboom om zijn naam af te leiden waarna arrest volgde.

De politie toegang verlenen tot het genoom van een verdachte is en onredelijke zoektocht, die verboden is door het Vierde Amendement
Een verbod ging in eerste instantie niet door. Maar het leidde tot discussies met juridische experts, openbare verdedigers, openbare aanklagers en politieagenten die leidden tot een compromiswet.
“Dit nieuwe wetsvoorstel vindt een evenwicht tussen deze zeer belangrijke technologie om mensen te identificeren die ernstige misdrijven hebben begaan, maar het brengt dat in evenwicht met de bezorgdheid over de privacy en het vertrouwen dat we nodig hebben van het publiek.
Maar sommige experts zeiden dat de nieuwe wet een demper kon zetten op het gebruik van de technologie in Maryland.

Een andere dubieuze bepaling: Onderzoekers mogen alleen genealogische bedrijven gebruiken die het publiek en hun klanten expliciet hebben geïnformeerd dat de wetshandhaving hun databases gebruikt en die toestemming hebben gevraagd aan hun klanten om deel te nemen. Momenteel krijgen klanten van GEDmatch en FamilyTreeDNA de keuze om deel te nemen aan deze zoekopdrachten “We weten heel goed dat de meeste mensen dit soort verklaringen niet goed lezen. Dit zal waarschijnlijk leiden tot onwetende deelname in plaats van daadwerkelijke toestemming.”

In tegenstelling tot 23andMe en Ancestry, die hun immense genetische databases niet beschikbaar hebben gesteld voor wetshandhaving zonder gerechtelijk bevel, staan GEDmatch en FamilyTreeDNA te popelen om samen te werken. Beide bedrijven stellen in verklaringen dat ze geen plannen hadden om hun beleid bij te werken.

Na het succes met het opsporen van deze serie-moordenaar, zijn waarschijnlijk enkele honderden gevallen opgelost met genetische genealogie. De methode is gebruikt om misdaden op te lossen, onschuldigen vrij te pleiten en de namen van niet-geïdentificeerde overblijfselen te vinden. Defensie kan de techniek gebruiken om soldaten uit de Tweede Wereldoorlog te identificeren. In sommige gevallen weten klanten misschien nooit dat de DNA-markers die ze in een database hebben geüpload, door de politie worden gebruikt om daders te identificeren – of dat het gebruik van de database problemen kan opleveren voor hun familieleden.

De nieuwe wet van Maryland stelt dat wanneer politieagenten het DNA van “derden” testen – andere mensen dan de verdachte – ze eerst schriftelijk toestemming moeten krijgen, tenzij een rechter een misleidende inzameling goedkeurt.

Onderzoekers kunnen geen van de verzamelde genetische informatie, van de verdachte of van derden, gebruiken om de psychologische eigenschappen of ziektepredisposities van een persoon te achterhalen. Aan het einde van het onderzoek moeten alle genetische en genealogische gegevens die ervoor zijn gemaakt, uit de databases worden verwijderd.
En misschien wel het meest consequente, men zal het eerste moeten zoeken in een door de overheid beheerde DNA-database, genaamd Codis, waarvan de profielen veel minder genetische markers gebruiken. Deze codis bestaat slechts uit een beperkt aantal tandem-repeat markers.

Deskundigen noemden deze bepaling cruciaal, omdat de potentiële inbreuk op de privacy die wetshandhaving toegang geeft tot honderdduizenden genetische markers, veel ernstiger is voor de genetische genealogie, dan voor Codis, dat slechts ongeveer twee dozijn markers gebruikt. Deze zoekopdrachten zijn “het equivalent van de overheid die al uw medische dossiers en al uw familiedossiers doorloopt om u te identificeren dat grotendeels gericht is op het helpen van geadopteerden en anderen bij het vinden van hun biologische familieleden.

Two New Laws Restrict Police Use of DNA Search Method – The New York Times (nytimes.com)