NGV Nieuws

Voor gevorderden

Eeneiige tweelingen kunnen door vroege mutaties toch genetisch verschillen. Sommige eeneiige tweelingen kunnen daardoor verschillen.

Ondanks de belangrijke rol die eeneiige (monozygotische) tweelingen hebben gespeeld in genetica onderzoek, is er weinig bekend over hun erfelijke verschillen. Hier tonen we aan dat monozygotische tweelingen gemiddeld 5,2 vroege ontwikkelingsmutaties verschillen en dat ongeveer 15% van de monozygotische tweelingen een aanzienlijk aantal van deze vroege ontwikkelingsmutaties heeft die specifiek zijn voor één van hen.
Met behulp van de ouders en nakomelingen van tweelingen, identificeerden we pre-twinning-mutaties (mutaties voor de eiceldeling naar twee aparte eicellen). We observeerden gevallen waarin een tweeling werd gevormd uit een enkele cellijn in de pre-twinning celmassa en gevallen waarin een tweeling werd gevormd uit verschillende cellijnen. CpG>TpG mutaties verhoogden in frequentie met embryonale ontwikkeling, wat samenvalt met een toename van DNA-methylatie. Onze resultaten geven aan dat toewijzingen van cellen tijdens de ontwikkeling erfelijke verschillen induceren tussen monozygotische tweelingen. Deze nieuwe vondst is te danken aan het moderne DNA-onderzoek waarbij het volledige DNA van  eeneiige tweelingen wordt vergeleken en zodoende grotere en kleinere verschillen bij eeneiige tweelingen in het totaal dna genoom kunnen worden  aangetoond. Met de vroegere conventionele methoden was dit niet mogelijk. Conclusie: verschillen in het DNA-patroon bij een-eiige tweelingen sluit  een ”een-eiigheid” niet uit.

De meest populaire third-party tool is GEDmatch, die gebruikers helpt de ruwe DNA-gegevens te uploaden en een verscheidenheid aan analyses uit te voeren. In oktober 2015 meldde de genetica nieuwssite GenomeWeb dat GEDmatch “meer dan 130.000 geregistreerde gebruikers heeft, meer dan 200.000 monsters in zijn DNA-database en meer dan 75 miljoen personen in haar genealogische database.” De data in de database omvatten autosomaal (at) DNA ruwe gegevens, resultaten die gebruikers hebben geëxporteerd vanuit 23andMe, AncestryDNA en Family Tree DNA, en geüpload naar GEDmatch.

GEDmatch toont verschillende panels, elk met verschillende informatie. In het deelvenster Bestandsuploads vindt men koppelingen met stapsgewijze instructies voor het downloaden van ruwe gegevens van elk testbedrijf en het uploaden van de gegevens naar GEDmatch.

Sommige functies van de site zijn onmiddellijk beschikbaar voor nieuw bijgewerkte resultaten. Voor anderen moet men een dag of twee wachten tot de ruwe DNA-gegevens verwerkt zijn. De hoofdpagina geeft toegang tot vele gratis tools die beschikbaar zijn op GEDmatch.

Een op veel matches:

Dit is het vergelijken van de eigen testkit met test gegevens van alle andere personen die in de database  zijn opgegenomen. Met  deze techniek kan men mogelijk genetische neven opsporen die DNA-profielen delen die zich boven een zekere DNA-deeldrempel bevinden. De deeldrempel, die u handmatig hoger of lager kunt aanpassen, is 7 centimorganen (7 cMs), wat betekent dat twee personen een segment van DNA moeten delen dat 7 cMs of langer is om te worden geïdentificeerd als een genetische neef met behulp van deze tool.

Een-op-een matches

Hierbij vergelijkt men de ATDNA-gegevens van de eigen kit met de ATDNA-gegevens van een andere kit om segmenten van atDNA te identificeren die tussen de beide kits boven de deeldrempel worden gedeeld. U kunt de deeldrempel handmatig aanpassen: hoger of lager maken dan de standaard 7 cMs. Op deze manier kunt U de mate van verwantschap vaststellen.

X op een matches 

Dit vergelijkt de X-chromosomale DNA (X-DNA) gegevens van een enkele kit met de X-DNA gegevens van een andere kit om segmenten van X-DNA gedeeld tussen de kits boven de deeldrempel te identificeren. Nogmaals, de standaard is 7 cMs, die u kunt aanpassen. X-DNA zit op het X-chromosoom. Elke man heeft een X-chromosoom, geërfd van zijn moeder; elke vrouw heeft twee X-chromosomen, één van elke ouder.

Etniciteitsanalyse

Men deze procedure voert de site een etniciteitsanalyse uit van atDNA-gegevens met behulp van een van de verschillende etniciteitscalculators. U bekijkt de resultaten in verschillende formaten, waaronder percentages, in een chromosoombrowser of als een cirkeldiagram.

Personen opsporen die matchen met een of beide kits:

Deze analyse maakt gebruik van twee kitnummers om genetische verwanten boven een deeldrempel in drie verschillende categorieën te identificeren:

Kits in de GEDmatch-database die overeenkomen met beide van de twee ingevoerde kitnummers;

2) Kits in de GEDmatch database die alleen overeenkomen met de eerste van de twee ingevoerde kitnummers; en

3) Kits in de GEDmatch-database die alleen overeenkomen met de tweede van de twee ingevoerde kitnummers.
Als je bijvoorbeeld het eigen kitnummer en het kitnummer van je moeder hebt ingevoerd, kun je onderzoeken of die overeenkomen met je beiden of personen opsporen die matchen met u, maar niet met uw moeder (en dus gerelateerd zijn aan de kant van de vader); of personen die overeenkomen met uw moeder, maar niet met U zelf.

Verwantschap ouders

Dit bepaalt of een kit segmenten van atDNA heeft die hetzelfde zijn bij beide ouders, wat betekent dat beide kopieën van een chromosoom hetzelfde DNA hebben en op die locatie zijn geërfd van dezelfde voorouder. Dit kan gebeuren als de ouders verwant zijn.

Slot

DNAGedcom werd in februari 2013  gelanceerd en heeft tools waarmee gebruikers belangrijke databestanden kunnen downloaden van 23andMe en Family Tree DNA. Het heeft ook tools voor het vergelijken van GEDCOMs (computerbestanden met uw eigen stamboomgegevens), het uitvoeren van een-ICW-analyse en het trianguleren van DNA-resultaten. Zodra u een gratis DNAGedcom-account hebt gemaakt, kunt u analyses uitvoeren met gegevens van elk van de drie testbedrijven, plus GEDmatch. De GEDmatch Client, software die uw DNA-resultaten van AncestryDNA of 23andMe downloadt, vereist echter dat u een betaald abonnee-account hebt.