In het begin van de 17de eeuw kwam de pest in alle hevigheid weer terug en wel, in de tijd van de 80 jarige oorlog die onnoemelijk veel leed bracht. Deze epidemie werd overgebracht via de bruine rat, die agressief was en die beter tegen het koude klimaat bestand was. Vooral Amsterdam werd als eerste getroffen door de scheepvaart. In havenstad Amsterdam, waar het een komen en gaan was van schepen (en daarmee ratten), was het om de zoveel tijd weer raak. Men vermoedt dat door de ijstijd een ander type ratten zich via de handelsvaart in Amsterdam verspreidden en de pest via vlooien op de mensen overbrachten.
Pestepidemieën woedden in 1599, 1601/1602, 1617, 1624, 1635/1636, 1655/1656 en ten slotte in 1663/1664. Tijdens iedere epidemie stierf niet minder dan 10 % van de bevolking. De ziekte ontregelde de hele samenleving, vele inwoners ontvluchtten uit angst de overbevolkte stad. De stadseconomie kwam vrijwel tot stilstand. Vooral de herbergiers hadden het moeilijk. Bedrijven gingen failliet, omdat de werknemers niet meer kwamen opdagen. De kosters hadden grote moeite om de drukte in de kerk in goede banen te leiden. Bij begrafenissen was soms onrust. De jaarlijkse kermissen werden door de burgemeesters verboden. Het hebben van een buitenplaats kwam in trek. De regenten verbleven dan ook in hun buiten-paleizen.

Amsterdammers begrepen dat ‘social distancing’ noodzakelijk was. In sommige steden bestond een avondklok, al hielden jongeren zich niet altijd daaraan. Ex-Pestlijders moesten gedurende 6 weken een witte stok dragen ten teken dat ze de pest hadden gehad. Was er pest in een huis geconstateerd, dan dienden de bewoners een bos stro met drie banden eromheen aan de gevel op te hangen. Zo wist iedereen dat je daar niet naar binnen mocht gaan. Notaris Laurens Lamberti stelde eind november 1629 een testament op voor de zieke bootsgezel Frerick Nonnesz.
Uit bovenstaand gedeelte blijkt dat hij daarbij buiten het pand bleef staan en dat het bed van de pestlijder bij het kelderraam was gezet.

Een jaar later, in 1630, werd er bij de Overtoomsevaart een nieuw Pesthuis gebouwd, ongeveer bij de huidige Tweede Constantijn Huygensstraat. In tegenstelling tot eerdere pesthuizen was deze ver buiten de stadspoorten gelegen. Het imposante gebouw was om een binnenplaats heen gebouwd, waardoorheen een kleine gracht liep. Pestlijders konden zo vanuit het Buitengasthuis via de Pestsloot (nu de Bosboom-Toussaintstraat) tot in het Pesthuis worden geroeid. Contact met andere Amsterdammers kon daardoor worden vermeden. Later zou zich op die plek het wereldberoemde Wilhelminaziekenhuis vestigen.

Door de pestepidemieën was het aantal wezen in Amsterdam enorm gestegen. In 1657 werd daarom een groot aantal weeshuizen geopend om deze vele weeskinderen op te vangen. Om deze reden hadden de regenten regelmatig de toelatingseisen verscherpt; ouders moesten langer poorter zijn geweest en de minimum- en maximumleeftijd voor opname als wees werden resp. verhoogd en verlaagd. In de jaren 1622-1628 werd het aantal burgerwezen bijna verdubbeld, schattingen lopen van ca. 500 tot ca. 900 kinderen. In 1632 werd het voormalige Oudemannenhuis, gelegen tussen de Kalverstraat en het klooster, aan het Burgerweeshuis toegevoegd.

Er waren verschillende redenen dat juist in de Tachtigjarige Oorlog de pest meerdere keren de kop op stak. Rondtrekkende legereenheden – en dat waren er nogal wat – namen de ziekte vaak met zich mee. De inkwartiering van soldaten en de komst van garnizoenen zorgden voor een verslechtering van de hygiënische omstandigheden, waardoor er meer kans was op een epidemie. Bovendien legden zij een onevenredig grote druk op de bevolking, die gedwongen werd hen van onderdak en voedsel te voorzien. Dit had tot gevolg dat voedsel schaars en duur werd. Ook misoogsten veroorzaakten voedseltekorten en stijgende prijzen. Armoede en voedselschaarste waren in deze periode dus nooit ver weg uit het dagelijks leven. In 1587 na het ‘hongerjaar’ 1585-1586 – sloeg de pest ook in volle hevigheid toe in sommige plaatsen van Brabant zoals Tilburg en Goirle. Een derde van alle inwoners stierf aan deze “aenclevende sieckte”. De overigen vluchtten, zodat er niet kon worden ingezaaid, wat weer voor voedselschaarste en hongersnood zorgde. Hierdoor had de bevolking minder weerstand en was dus kwetsbaar voor ziekten, wat een nieuwe pestepidemie bespoedigde. De maatschappij raakte dan ook vaak ontwricht na de uitbraak van een pestepidemie. Opvallend is dat er gedurende het Twaalfjarige Bestand (1609-1621) geen sprake was van pest in het Brabantse. Na hervatting van de vijandelijkheden na 1621 stak ook de pest weer de kop op. Vooral de pestepidemie van 1624-1625 maakte veel slachtoffers: de voorgaande zomers waren droog en warm geweest, een ideaal klimaat voor de pest. Ook het elf maanden durende beleg van Breda in die jaren door de Spanjaarden onder leiding van de Italiaanse strateeg Ambrogio Spinola (1569-1630) bespoedigde de verspreiding van de ziekte. De Tachtigjarige Oorlog eiste dus ook buiten de oorlogshandelingen om de nodige levens.

Een pestepidemie die ook politieke gevolgen had voor Holland nl was de Pestepidemie in Londen, in het Engels ook bekend als de Great Plague (1665-1666) . Deze pestepidemie viel samen met de tweede Engelse oorlog (1665-1667) die aanvankelijk voor Holland gunstig verliep mede door de weerloosheid van de Engelsen door de pest. Deze pest bracht een enorme uitbarsting van sterfgevallen in de overbevolkte stad. Naar schatting 100.000 Londenaren stierven – bijna een kwart van de Londense bevolking – in 18 maanden tijd door de beet van een geïnfecteerde ratten vlo. Hoewel deze epidemie veel kleiner was dan de eerdere pandemie van de Zwarte Dood werd deze later herinnerd als de ‘grote’ epidemie, voornamelijk omdat het de laatste wijdverbreide uitbraak van builenpest in Engeland was.

Men zag als eiland bewoners dat men niet in staat zou zijn om de pest te stoppen door de invoer te blokkeren. De enige mogelijkheid was mensen die de pest hadden naar een afgelegen plaats te sturen. Het probleem met deze plaag is dat het (net als anderen) gemakkelijk werd overgedragen van dieren naar mensen. Daarom werden de autoriteiten in Londen gedwongen om alle honden en katten in de stad of andere dieren in de regio te doden. De pest kan ook voorkomen bij andere zoogdieren. De Londenaren waren ervan overtuigd dat de vele zwerfkatten en -honden in de stad de ziekte verspreidden. Koning Karel II beval in een officiële verordening dat varkens, honden, katten of duiven niet meer op straat mochten komen. Daarop werden duizenden (huis-)dieren gedood en onmiddellijk begraven of verbrand. Het klopte inderdaad dat honden en katten konden bijdragen aan de verspreiding van de ziekte doordat zij vlooien bij zich droegen die de bacterie konden overdragen op de mens, maar toch heeft deze actie geen effect gehad. Het waren namelijk juist de honden en katten die de rattenpopulatie onder controle hielden. En die ratten waren de voornaamste dragers van de ziekte.

De Autoriteiten van Londen hebben ervoor gezorgd dat alle gebeurtenissen werden stilgelegd zodat de meeste mensen in hun huis zouden zitten. Echter, ze wisten dat dit niet genoeg was, dus kwamen ze met een strenge isolatie van de pestlijders. Ze deden dit door alle zieke mensen naar het platteland te brengen en ze daar te laten sterven.

De mensen die het zich financieel konden veroorloven vluchten tijdelijk weg uit Londen. Maar de armen hadden geen andere optie dan te blijven en werden het hardst getroffen. In iedere wijk waren inspecteurs aangesteld om de zieken in hun district te registeren. Omdat er geen genezing of behandeling mogelijk was, moesten zieke mensen 40 dagen thuis blijven. Hun huis werd helemaal verzegeld en daarmee werd voor het hele gezin het doodvonnis getekend. De voordeur werd gemarkeerd met een rood kruis met daarboven de woorden Lord have mercy on us gekrabbeld. Om ervoor te zorgen dat niemand ontsnapte, werd er een bewaker voor de deur gezet. ’s Nachts reden er karren door de straten en werden de lichamen opgehaald met het bevel: ‘Bring out your dead’. De dodenkarren met de lijken werden vervolgens naar de massagraven gebracht, zogenaamde plague pits.

Aanvankelijk werden de lichamen overdag verzameld, maar later waren de sterftecijfers zo hoog dat dit werd verboden. Het stadsbestuur vreesde dat er massale paniek zou uitbreken als de inwoners de enorme hoeveelheid lijken zagen. De dodenkarren waren simpelweg ontoereikend. In afwachting van de dodenkarren lagen de lichamen in de straten opgestapeld, waar ze begonnen te ontbinden. In een poging om het aantal besmettingen te beperken, begon men de lijken te verbranden. Naar schatting zijn ongeveer 50.000 lichamen begraven in Charterhouse Square in Farringdon, het grootste massagraf van Londen tijdens de periode van de Zwarte Dood. In maart 2013 is deze kuil blootgelegd tijdens de spoorwegwerkzaamheden, de restanten zijn opgegraven en naar het Museum of London gebracht voor onderzoek.

Nieuwe pestgevallen bleven zich op grote schaal voordoen tot september 1666, toen Londen werd getroffen door de grote brand. Op twee en drie september vernietigde de grote brand van Londen een groot deel van de stad. Veel van de overbevolkte houten huisjes gingen in vlammen op. Door de brand werden veel ratten gedood en de pest werd aanzienlijk minder. Het koude weer was nadelig voor de vlooienpopulatie en in het late najaar liep de epidemie op zijn einde. Eind oktober en begin november keerden de eerste Londenaren weer terug naar hun stad. Het verdwijnen van de Zwarte Dood werd voornamelijk toegeschreven aan de grote brand, maar ook in andere steden nam de pest af zonder enige aanwijsbare oorzaak. De afname kan ook te maken hebben met de quarantainemaatregelen, maar echt effectieve quarantaine bestond niet tot 1720. Wetenschappers zijn het er nu over eens dat het beëindigen spontaan gebeurde.

Met horten stoten verdween de pest geleidelijk uit Europa met incidenteel nog enkele kleinere uitbraken. De pest is echter nooit echt helemaal verdwenen. In de Verenigde Staten zijn infecties endemisch onder prairiehonden in het zuidwesten en kunnen via vlooienbeten worden overgedragen op mensen. Daardoor ziet men in de VS jaarlijks 4 – 10 menselijke sterftegevallen door de pestbacterie. Met antibiotica is dit goed te genezen. In Afrika zag ik in de 60er jaren nog incidenteel de pest.